Brúnó 974-ben született Querfurt várában; ennek közelében fejlődött ki Querfurt városa, amely ma Halle körzetébe tartozik. Rokonságban volt az Ottók császári házával. Szülőföldjén szerzett első képzése után Brúnó 986-ban a magdeburgi dómiskolába ment. Ott vele csaknem egyidős unokafivérével, Thietmarral, a későbbi merseburgi püspökkel együtt nevelkedett kilenc éven át. 972-től 981-ig itt tanult Szent Adalbert (lásd: A szentek élete, 762. o.) későbbi prágai püspök is, aki 997-ben a pogány poroszok térítése közben vértanúhalált halt.
A III. Ottó gondolatvilágát is meghatározó szláv püspök apostoli tevékenységéről szóló tudósítások döntően hatottak Brúnó későbbi fejlődésére. Tanulmányai befejezése után, 995-ben kanonok lett a magdeburgi dómban. III. Ottó 997-ben felvette házikápolnájába. Aachenben hallotta meg a császár lengyelországi követeitől Adalbert vértanúságának hírét, s ez őt is mélyen megrázta.
Amikor 998 februárjában a császár kíséretével együtt Rómába érkezett, és meglátogatta Szent Bonifác és Alexius Aventinuson levő kolostorát, amelyben Adalbert öt évet töltött, Brúnó belépett ebbe a kolostorba. Noviciátusának éve után, 999 tavaszán letette a szerzetesi fogadalmat. Miközben III. Ottó Szent Adalbert sírjához zarándokolt Gnieznóba, Brúnó Szent Romuáld (lásd: A szentek élete, 271. o.) apáthoz csatlakozva elvonult egy Róma közelében levő remeteségbe. Amikor Romuáld tanítványaival együtt letelepedett a Ravenna melletti Pereum erdős, mocsaras vidékén, Brúnó követte. 1001 decemberében III. Ottó jelenlétében felszenteltek ott egy Adalbert-templomot. Röviddel ezután Szent Benedek (lásd: 576. o.) és János remeték I. Boleszláv Chrobry (Bátor) lengyel uralkodó és III. Ottó császár kívánságának megfelelően elindultak Lengyelországba, hogy új remeteséget alapítsanak, és a missziónak szenteljék magukat. Brúnó megígérte nekik, hogy hamarosan követi őket. Miután II. Szilveszter pápától megkapta az engedélyt, és a pogányok érsekévé nevezték ki, 1002 telén átkelt az Alpokon, hogy missziós megbízatását megerősíttesse Szent II. Henrik (lásd: A szentek élete, 345. o.) királlyal, a váratlanul korán (1002. január 23.) elhunyt III. Ottó utódával, és püspökké szenteltesse magát.
A II. Henrik és I. Boleszláv (Chrobry) közti ellentét miatt a németek és a lengyelek hadban álltak egymással. (Az utóbbi ugyanis megszállta Csehországot és nagy szláv birodalmat akart felépíteni.) Brúnó ezért megszakította lengyel útját, és Regensburgon át Magyarországra sietett. Először is Szent István (lásd: A szentek élete, 806. o.) királyt és Szent Asztrik (lásd: A szentek élete, 837. o.) érseket kereste fel. A Tisza alsó folyása és a Maros között telepedett meg akkoriban az ún. fekete magyarok még túlnyomóan pogány néptörzse. Brúnó térített körükben, de csak csekély eredményt tudott elérni. 1004 nyarán elkísért egy magyar küldöttséget, amely felkereste II. Henriket, hogy a birodalom és István király között keletkezett feszültségeket eloszlassák.1004. augusztus 21-én a magdeburgi Tagino érsek püspökké szentelte.
Brúnó szülőföldjén való tartózkodását arra használta fel, hogy összeállítsa Szent Adalbert életrajzát. Querfurtban vártemplomot ipíttetett. 1005 tavaszán ismét elkezdte missziós tevékenységét a fekete magyarok között; fáradságos és veszélyes dolog volt ez.1007 őszén István király udvarában találkozott II. Henrik király és Boldog Gizella (lásd: A szentek élete, 767. o.) királynő testvérével, augsburgi Brúnó püspökkel, aki a kereszténység elterjesztésén buzgón fáradozó missziós püspököt óva intette életének minden szükségtelen veszélyeztetésétől.
Amikor I. István és II. Henrik szövetséget kötött egymással I. Boleszláv ellen, Brúnó elhagyta Magyarországot, hogy lengyelországi missziós igehirdetésének régóta táplált tervét megvalósítsa. Megkísérelte, hogy kerülő úton, a keleti határon át jusson be az országba. Ezért kijevi Szent Vladimir (lásd: 378. o.) nagyfejedelemhez ment, aki Annával, II. Baziliosz és VIII. Konstantinosz bizánci császár nővérével való házasságkötése után birodalma kereszténnyé tételén fáradozott. Vladimir új missziós területet nyitott meg Brúnó számára a besenyők harcias nomád törzsénél, a Dnyeper alsó folyása mentén. Személyesen vezette el egy határlánchoz Brúnót és kísérőit, akik öt hónapig tartózkodtak a besenyőknél; mintegy harminc pogányt kereszteltek meg, s közvetítettek a köztük és Vladimir közti békeszerződésben.
1008 nyarán Brúnó érsek végre eljutott Lengyelországba. Nem messze Posentől, Miedzyrzecze Adalbert kolostorában átdolgozta Adalbert életrajzát. Ezenkívül megszerkesztette ,,Az öt testvér szenvedéstörténeté''-t, azokét, akiket 1003-ban Miedzyrzeczében megöltek a zsákmányra éhes rablók. Írásával maradandó emléket állított az őt Lengyelországban megelőző két itáliai szerzetesnek, Benedeknek és Jánosnak, valamint Izsák, Máté és Krisztián lengyel remetéknek.
1008 decemberében levelet írt Lengyelországból II. Henriknek, s ez minden idők egyik legtanulságosabb dokumentumai közé tartozik: tudósított a magyarok és a besenyők közti térítés eredményeiről, Vladimir nagyfejedelemnek és I. Boleszlávnak a kereszténység elterjesztéséért folytatott buzgalmáról. Szemrehányásokat tett a német királynak, mert szövetségben a liutizek néptörzsével, amely a 983-i nagy szláv felkelés után visszasüllyedt a pogányságba, hadba szállt Boleszláv ellen. Könyörgő szavakkal sürgette, hogy kössön békét Boleszlávval, hogy így működjön közre a kereszténység elterjesztésében s a liutizek és poroszok megtérítésében; ,,mert azoknak a kemény pogány szíveknek megtéréséért kell most fáradsággal felöveznünk magunkat, hiszen a Szentlélek indít rá; minden tevékenységünkkel fáradhatatlanul fel kell emésztődnünk, mert Péter harcol''. Levelében megemlítette Brúnó azt is, hogy Svédországba távozott segítőitől hírt kapott missziós sikereikről. 1009 elején Boleszláv megbízottai Poroszország déli határához vezették. Prédikált Nethimar pogány fejedelem területén. Jóakaratú fogadtatásra talált, és a fejedelem egész udvarával együtt megkeresztelkedett; de, mint merseburgi Thietmar krónikájában megjegyezte: ,,a túlburjánzó tüskékkel borított országot nem egykönnyen tudta feltörni''. A megtért fejedelem testvére elutasította a kereszténységet, Brúnó érseket tizennyolc társával együtt foglyul ejtette, és február 14-én lefejeztette. Maradványaikat Boleszláv feltehetően 1009. október 15-én Lengyelországba vitette és eltemettette.
Szent Brúnó tiszteletének kezdetéről kevés adat maradt fenn. 1109-ben querfurti Dietrich bencés kolostort alapított a Querfurt melletti Lutisburgban, s ezt Szűz Mária és Szent Brúnó tiszteletére szentelték fel. A 13. században zarándoklatok kezdődtek a Querfurt keleti részén lévő Brúnó-kápolnához. A bencések és a kamalduliak bevették naptárukba. A Martirologium Romanumban csak a 16. században jelent meg neve. A 17. században megnövekedett tisztelete Kelet-Poroszország katolikusai körében. Adalbert mellett Brúnót is Poroszország védőszentjévé emelték. Kelet-Poroszország protestánsai is gondoltak rá, amint ezer évvel vértanúsága után a Brúnó-kereszt felirata tanúsítja: ,,A bátor német hithirdetőnek, aki Mazúriában élharcosként szenvedte el tizennyolc társával együtt 1009-ben a vértanúhalált Krisztusért, a nemes querfurti Brúnónak tisztelő emlékezésül. Lötzen evangélikus gyülekezete, 1910''.